RCSB PDB

概述

RCSB PDB（RCSB Protein Data Bank）是面向全球科研与教育社区的开放结构生物学门户。它汇集了实验测定的三维结构、整合性结构以及大量的计算结构模型，并提供可视化、检索、注释、下载与投稿等全流程服务。网站强调开放访问与可重用性，并通过丰富的文档、培训与PDB‑101教育平台支持不同背景的用户快速上手。

核心能力

1. 结构数据与归档: 提供来自PDB档案的实验结构（X‑射线、冷冻电镜、核磁等），以及整合的计算结构模型（如AlphaFold DB、ModelArchive）。

2. 高级检索与比对: 支持基于文本、序列相似性（mmseqs2）、结构相似性（形状比对）与化学相似性的复杂布尔查询，便于快速定位目标条目与同源结构。

3. 交互式可视化: 内置 Mol* 三维查看器，用于展示蛋白质及配体的结合位点、装配体和注释层（序列注释、基因组映射等），支持嵌入与导出视图。

4. 数据提交与验证工具: 提供 OneDep 投稿系统、PDBx/mmCIF 数据准备指南以及独立的验证服务器和验证 API，帮助结构解析者在提交前进行质量检测与格式转换。

5. 程序化访问与下载: 提供Data API与Search API、批量下载服务（坐标、FASTA、配体SDF等）和多种工具（Ligand Expo、Chemical Sketch、SF‑Tool），便于自动化分析与整合。

推荐原因

RCSB PDB集成了从数据生成、质量验证、可视化到程序化访问的完整生态，适合结构生物学研究者、计算生物学家、药物化学家和教育工作者使用。其强大的检索能力与开放 API使大规模数据挖掘与方法开发成为可能；而PDB‑101与教程则为教学与科普提供易用资源。总之，RCSB PDB既是获取可靠三维结构数据的权威来源，也是开展下游分析、构建工具链与传播结构生物学知识的重要平台。