Cresset 是一家专注于以计算化学和分子建模为核心的数字化分子发现公司，提供面向药物发现的软硬件与服务解决方案。公司通过科学驱动并结合AI增强的方法，帮助科研团队在分子设计、构效关系分析和合成跟踪等环节提高成功率。其产品线包括用于结构与配体设计的 CADD 软件平台、Torx Design 设计与合成管理工具，以及面向外包发现项目的 Discovery CRO 服务。Cresset 同时强调合规与可持续发展，已获得 SOC 2、Cyber Essentials 等认证，并为多家跨国制药与生命科学机构提供支持。
Nextflow 是一个面向科研与生产环境的工作流引擎，旨在实现可扩展、可重现和可移植的计算管道。它通过与 Docker、Singularity 等容器技术集成，以及与 GitHub 等代码管理平台配合，使得整个分析流程可以被版本化、共享与快速复现。Nextflow 基于数据流（dataflow）编程模型，隐式并行化任务执行，支持多种批处理调度器与云平台，使得同一套管道能够在本地服务器、HPC 群集或云端无缝运行。此外，Nextflow 提供丰富的生态系统（如 nf-core、Seqera 平台、VS Code 插件和教学资源），并通过自动检查点、流式 DSL 和统一执行器等特性提升开发和运行效率，适合生物信息学、计算化学等领域的复杂管道管理与大规模任务调度。
Seven Bridges 是一家专注于生物医学数据分析的软件公司，提供端到端的生物信息学解决方案，帮助研究团队将原始基因组和临床数据转化为可操作的发现与诊断方案。其平台整合了大量公共基因组数据集、预构建和可定制的分析工作流与算法、弹性的云端计算资源以及科学支持服务，支持从数据存储、计算到协作与合规的整个流程。Seven Bridges 强调**协作研究**、**发现加速**、以及对数据安全与监管合规性的支持，适用于生物制药研发、临床试验和国家级基因组计划等场景。通过专门产品（如 ARIA、GRAF、RHEO 和 Platform），Seven Bridges 可为不同规模与需求的机构提供可重复、可扩展的基因组数据生态系统。
RDKit 是一个开源的化学信息学（cheminformatics）软件工具包，广泛用于分子表示、子结构搜索、分子指纹和化学性质计算等任务。它提供 Python 和 C++ API，支持从分子编辑、构象生成到化学信息学算法的完整工作流，并能通过 Conda、Homebrew 等渠道方便安装。RDKit 拥有活跃的社区、详尽的在线文档和示例、以及在 GitHub 上的源码与问题跟踪系统，适合科研机构、制药公司和教育用途。商业支持也可由第三方（如 T5 Informatics）提供，便于在生产环境中部署和集成。
OpenEye（现为 Cadence 的一部分）是一家专注于计算分子设计与分子建模的软件与服务提供商，面向药物发现和材料科学等领域。其旗舰平台为 Orion 分子设计平台，包含小分子发现、抗体发现与制剂设计等套件，并提供用于 2D/3D 相似性搜索、分子对接、分子动力学、自由能预测与量子化学计算的工具。OpenEye 还维护大规模的可搜索数据库（如数十亿到数百亿级别的化合物集合）和可用于结构筛选的蛋白质位点库，支持云端部署与高通量虚拟筛选。除此之外，OpenEye 提供咨询、定制方法开发与企业级服务，面向学术、制药、生物科技与其他化学相关产业，帮助用户在“科学、速度、规模”三方面提升分子设计效率与可复现性。
HighRes 是一家专注于生命科学实验室自动化与数据编排的公司，致力于加速科研团队对人类健康的影响。公司通过模块化的硬件平台（如 Nucleus、Prime、SteriStore、MicroSpin 等）与自主研发的编排软件 **CellarioOS**，为药物发现、基因组学与合成生物学等高复杂度应用提供端到端自动化解决方案。HighRes 强调可重构性与可追溯性，支持高通量操作、精确液体处理与动态样本存储，帮助实验室提升通量、降低误差并缩短研发周期。公司拥有丰富的行业经验并与多家制药与生物技术领先企业合作，提供从咨询、系统集成到部署与维护的完整服务。
NatureMetrics 是一家以 eDNA（环境DNA）为核心技术的生物多样性监测与影响报告服务提供商，面向企业级客户提供端到端的订阅制解决方案。通过其 Nature Intelligence 平台，NatureMetrics 将现场采样与高完整度、可核查的数据分析相结合，帮助组织评估、规划、监测、报告并披露与自然相关的风险与影响。其服务覆盖评估与基线设定、物种与栖息地指标跟踪、组合级别仪表盘管理等，支持数千个站点的集中管理。NatureMetrics 已被全球 600 多家公司采用，旨在为合规披露、风险管理和投资者沟通提供可行的生物多样性证据与决策支持。
Formlabs 是一家专注于高精度桌面与工业级 3D 打印解决方案的公司，提供基于 SLA（光固化）和 SLS（选择性激光烧结）技术的打印机、材料与后处理设备。网站展示了其旗舰产品（如 Form 4L、Form 4 系列）、多种工程与生物兼容材料，以及用于快速原型、工具制造和终端零件生产的完整工作流。Formlabs 强调可靠性与产能，声称其打印机被专业用户广泛信赖，并展示了与汽车、航天、医疗等行业客户的合作案例与技术应用。网站同时提供材料商店、样件请求、网络研讨会和客户支持，便于企业快速评估并部署 3D 打印解决方案。
SLAS（Society for Laboratory Automation and Screening）是一个专注于实验室自动化与筛选技术的国际性学会，致力于通过会议、培训和出版物推动生命科学研究的技术革新与协作交流。网站展示了其年度国际会议（如SLAS2026）、欧洲分会、专题研讨会和短课程项目，方便研究者提交摘要、注册参与并获取最新活动资讯。SLAS 同时运营专业期刊（如 SLAS Discovery、SLAS Technology），并与众多企业合作举办展览和专题展区（如 NexusXp），为学术界与工业界搭建对接平台，促进科研成果转化与职业发展。该平台还强调会员服务、职业指导和新闻动态，帮助成员拓展网络并获取行业最新发展。
Keysight 是一家专注于电子测量与测试验证的全球性公司，提供覆盖设计、仿真、仿真环境与实测的端到端解决方案。网站展示了其广泛的产品线，包括示波器、频谱/信号分析仪、信号源、网络仿真器、电源与探头等硬件设备，以及 PathWave 等设计与测试软件平台。Keysight 同时提供行业服务、校准与支持、培训课程和大量案例/白皮书，服务领域涵盖 5G/6G、汽车电动化与自动驾驶、物联网、量子计算与数据中心等前沿应用。官网还刊载最新产品发布、客户评价与企业新闻，体现其在测试测量领域的技术影响力与行业生态整合能力。
Spirent 是一家专注于自动化测试与保障解决方案的技术公司，覆盖网络、定位（PNT）、无线（包括5G 与 Wi‑Fi）及网络安全领域。网站展示了其面向运营商与厂商的端到端测试产品、仿真平台、主动保障（Active Assurance）以及持续集成与实验室自动化能力，并提供案例研究、白皮书与电子书等知识资源。近期 Spirent 已并入 Keysight，以加速技术落地与规模化交付，帮助客户在复杂的下一代技术环境中缩短上市周期、提升性能并强化安全防护。
RCSB PDB（RCSB蛋白质数据库）是一个公开的结构生物学数据资源，汇集并提供对蛋白质与核酸三维结构数据的访问、可视化、搜索和分析工具。该网站不仅托管实验测定的PDB条目，还整合了计算模型（如AlphaFold DB与ModelArchive）、整合性结构和丰富的注释信息，支持科研与教育双重需求。RCSB PDB提供在线可视化（Mol*）、高级检索（序列/结构/化学相似性搜索）、程序化接口（Data API与Search API）、数据下载和投稿/验证工具（OneDep与验证服务器），并通过PDB‑101等教育资源推广结构生物学知识。无论是结构生物学研究者、教学人员还是软件开发者，都能通过其全面的服务链快速获取、分析并复用结构数据，促进科学发现与教学传播。
Rosetta Commons 是一个致力于生物分子建模与设计的开源社区与软件生态，汇集全球科研人员共享先进的计算方法与工具。该网站展示了 Rosetta 软件套件及相关项目（如 RosettaFold、RFdiffusion、ProteinMPNN、AtomWorks 与 ModelForge 等）的最新进展、开源仓库与 Docker 镜像，支持可重复的科学研究与协作开发。社区通过会议（如 RosettaCon 与 Megathon）、文档教程、代码托管与治理机制推动方法学创新，并为蛋白质折叠、相互作用预测与抗体设计提供实用工具与模型。无论是学术研究者还是工业用户，都可以在 Rosetta Commons 找到下载、教程、社区活动与最新研究成果，从而加速生物分子设计与发现。
Cyrus Biotech 是一家以计算驱动蛋白质发现为核心的生物技术公司，专注于利用自然存在的蛋白并通过计算建模与深度突变技术将其开发为更优的治疗性生物药。公司拥有经验证的平台与超过30个与合作伙伴开展的发现项目，强调将天然蛋白工程化以实现更佳的药理学特性。其在自身免疫性疾病领域有多条主导管线，包括用于去除IgG的IdeS、针对胃肠和代谢适应的IL‑22变体，以及经优化半衰期的ACE2v2‑Fc用于急性呼吸窘迫综合征。Cyrus 提供整合性的蛋白设计能力，结合新算法与先进实验方法，旨在为医药合作伙伴提供快速、可转化的候选药物。公司总部位于美国西雅图，并对外开放合作与临床开发机会。
AQ 实验室（AQ Laboratory）是一个专注于生物分子结构预测和计算蛋白质设计的开源研究与工程组织，在 GitHub 上以多个高影响力仓库著称。其代表性项目包括对 AlphaFold2 的可训练 PyTorch 重现实现 **openfold**、基于 AlphaFold3 思路的 **openfold-3**、以及用于蛋白质生成和基序支架设计的扩散模型 **genie/genie2**。此外，AQ 实验室还维护标准化数据集（如 **proteinnet**）、轻量级分子对接模型 **QuickBind**、以及若干与免疫受体、信号网络相关的工具与笔记本。项目多以 Python 与 Jupyter Notebook 实现，采用 Apache-2.0 或 MIT 等宽松许可证，便于学术复现与工程应用。该组织适合从事结构生物学、计算生物设计与机器学习研究的开发者与研究人员参与与使用。
AlphaFold Protein Structure Database（简称 AlphaFold 或 AlphaFold DB）是由 Google DeepMind 与 EMBL-EBI 联合开发并公开提供的蛋白质三维结构预测数据库，现已包含超过两亿条预测条目，覆盖了大量 UniProt 序列。该数据库以 DeepMind 的 AlphaFold2 为核心，通过序列输入预测蛋白质原子坐标并给出置信度评分（如 pLDDT），同时提供可视化的 PAE（Predicted Aligned Error）矩阵、单条蛋白及整套物种蛋白组的下载，以及用于注释、分析和教学的在线工具与培训课程。数据库对学术和商业用途开放，采用 CC-BY-4.0 许可证，用户可通过站内搜索、序列比对或 UniProt 描述快速定位目标序列，并可下载 JSON 格式的 PAE 数据用于二次分析。AlphaFold DB 还整合了 AlphaMissense 等衍生模型的资源，帮助评估错义突变的致病性倾向，广泛应用于结构生物学、药物研发、基因功能注释与教学培训等领域。
Baker Lab 是华盛顿大学蛋白质设计研究所（UW Institute for Protein Design）下的研究团队，致力于通过计算与实验相结合的迭代流程设计功能性蛋白质，解决医学、技术与可持续性领域的挑战。实验室开发并应用蛋白质设计软件，利用深度学习、分子建模与实验验证来改进设计方法和提高成功率。研究方向涵盖酶、肽、迷你结合子（minibinders）、分子器件、药物递送、纳米材料、膜蛋白与混合材料等多个领域。团队倡导开放协作的科学文化，发布大量出版物与博客内容，并持续招募新成员参与研究与开发。
PathAI 是一家致力于通过人工智能提升病理学诊断和患者预后结果的科技公司，提供面向生物医药和临床实验室的 AI 驱动病理解决方案。公司核心产品包括面向企业的数字病理工作流平台 AISight、获得监管资质的 AIM‑MASH 等 AI 工具，并为药物与诊断开发提供标注、中心化病理实验室服务与协作网络支持。PathAI 强调云原生架构与图像与病例管理一体化，旨在加速生物标志物发现、提高临床试验质量并优化实验室运营效率。公司与多家医疗机构和生物医药企业建立战略合作，并已获得 FDA/EMA 的重要资质与许可，展示了其在临床与研发场景中的实际可用性与合规能力。
Ensembl 是一个由 EMBL-EBI 支持的公共开放基因组学平台，提供高质量的基因组参考数据、注释和可视化工具。平台汇集了大量物种的基因组、转录本和变异信息，并通过网页界面、批量下载、BioMart 和 API 等多种方式方便用户获取数据。Ensembl 提供一整套分析工具（如 VEP、BLAST/BLAT、Comparative Genomics）以支持变异注释、序列比对和物种间基因比较等研究需求。最新发布的 Ensembl Release 115 包含大量新增人类蛋白编码转录本、若干牲畜品种参考更新以及树状文件的新导出模式，适合科研人员、师生与生物信息工程师作为基因组学研究与注释的主要资源。
Broad Institute （简称 Broad）是一个多学科生物医学研究机构，致力于通过基础研究和技术创新改善人类健康。机构聚焦基因组学、免疫学、代谢学、脑健康、癌症与罕见病等疾病领域，并在人工智能与数据科学、成像、蛋白质组学、代谢组学和空间组学等技术平台上保持领先。Broad 不仅产出大量开放资源与数据库，还推动学术与产业合作，将发现转化为药物与诊断工具，近年来其科学成果已促成首个基于 Broad 研究的 FDA 批准癌症疗法。机构同时运营临床检测平台、出版物浏览器和公众教育中心，支持科研训练与社区参与。
UCSC 基因组浏览器（UCSC Genome Browser）是加州大学圣克鲁斯分校维护的权威基因组数据可视化与分析平台，支持多种参考基因组装（如 hg38/hg19、mm39 等）和大量注释轨道。该网站提供交互式浏览器界面，用于可视化基因、转录本、变异、测序覆盖等多层次基因组信息，并配套丰富工具（如 BLAT、LiftOver、Table Browser、Variant Annotation Integrator）以便快速比对、坐标转换和数据检索。用户可以上传**自定义轨道**或连接 **Track Hubs** 与公共会话共享视图，支持下载原始数据、源代码和通过 **REST API** 编程访问数据。网站同时提供教程、培训视频和镜像信息，适合研究人员、教学人员与生物信息学工程师用于探索与整合基因组注释与变异信息。
Bioconductor 是一个面向生物信息学的开源软件项目，基于 **R 语言** 提供可重复、精确的生物数据分析工具与生态系统。该项目通过集中管理数千个软件包（示例发布版中有 2361 个包）、定期发布版本（每年两次）以及配套的 Docker 镜像和云平台支持（如 AnVIL），帮助研究人员搭建可靠的数据分析流水线。Bioconductor 同时重视社区协作，提供论坛、即时聊天、教程、书籍与开发者资源，方便用户学习、交流与贡献代码。无论是数据注释、实验数据集成还是专用分析方法，Bioconductor 都为生物信息学研究与开发提供了完整且活跃的技术和社区支持。
Illumina 是一家致力于推动基因组学研究与临床应用的全球性公司，使命是通过解锁基因组信息来改善人类健康。该网页介绍了公司在测序与芯片领域的核心技术与产品线，包括新一代测序（NGS）、微阵列（microarray）、文库构建试剂盒与生物信息学软件等，强调将基因组与甲基组信息整合到单一检测中（如 5-Base DNA Prep）。网站同时提供丰富的资源与工具，涵盖产品选择、实验设计、运行设置与数据分析，并提供全天候支持与培训服务。页面还展示了实际影响力与最新活动、网络研讨会和研究发布，旨在为科研人员和临床从业者提供端到端的基因组解决方案。
10x Genomics（十倍基因组）是一家专注于单细胞与空间组学技术的领先生命科学公司，致力于“解码生物学、改变健康”。公司提供多样化的实验平台与试剂，包括 Chromium 单细胞平台、Xenium 原位成像、Visium 空间组学，以及最新的 GEM‑X Flex 和 Xenium Protein 等产品，覆盖从新鲜组织到 FFPE 的样本类型。其技术强调高通量、多模态与自动化，能够实现大规模细胞谱系分析、RNA 与蛋白质的联合测定以及空间分辨的基因组表达图谱，广泛应用于肿瘤学、免疫学、药物研发与 AI 驱动的细胞模型构建，并在学术与产业界被大量引用与采纳。
