Nextflow 是一个面向科研与生产环境的工作流引擎，旨在实现可扩展、可重现和可移植的计算管道。它通过与 Docker、Singularity 等容器技术集成，以及与 GitHub 等代码管理平台配合，使得整个分析流程可以被版本化、共享与快速复现。Nextflow 基于数据流（dataflow）编程模型，隐式并行化任务执行，支持多种批处理调度器与云平台，使得同一套管道能够在本地服务器、HPC 群集或云端无缝运行。此外，Nextflow 提供丰富的生态系统（如 nf-core、Seqera 平台、VS Code 插件和教学资源），并通过自动检查点、流式 DSL 和统一执行器等特性提升开发和运行效率，适合生物信息学、计算化学等领域的复杂管道管理与大规模任务调度。
Seven Bridges 是一家专注于生物医学数据分析的软件公司，提供端到端的生物信息学解决方案，帮助研究团队将原始基因组和临床数据转化为可操作的发现与诊断方案。其平台整合了大量公共基因组数据集、预构建和可定制的分析工作流与算法、弹性的云端计算资源以及科学支持服务，支持从数据存储、计算到协作与合规的整个流程。Seven Bridges 强调**协作研究**、**发现加速**、以及对数据安全与监管合规性的支持，适用于生物制药研发、临床试验和国家级基因组计划等场景。通过专门产品（如 ARIA、GRAF、RHEO 和 Platform），Seven Bridges 可为不同规模与需求的机构提供可重复、可扩展的基因组数据生态系统。
PubMed 是由美国国家医学图书馆（NLM）维护的权威生物医学文献检索平台，汇集了超过三千九百万条来自 MEDLINE、学术期刊和在线图书的引文信息。用户可以通过关键词检索、**高级检索**、临床查询等多种方式查找文献，并可链接到 PubMed Central（PMC）或出版商网站获取全文。平台提供 E-utilities API、FTP 下载和批量匹配工具，支持自动化数据获取与离线分析，非常适合科研人员、临床医生与信息专业人员使用。网站使用 **https** 安全连接并带有 **.gov** 官方标识，信息来源可信且注重隐私与可用性，同时提供学习资源与使用指南，帮助用户快速上手和优化检索策略。
NatureMetrics 是一家以 eDNA（环境DNA）为核心技术的生物多样性监测与影响报告服务提供商，面向企业级客户提供端到端的订阅制解决方案。通过其 Nature Intelligence 平台，NatureMetrics 将现场采样与高完整度、可核查的数据分析相结合，帮助组织评估、规划、监测、报告并披露与自然相关的风险与影响。其服务覆盖评估与基线设定、物种与栖息地指标跟踪、组合级别仪表盘管理等，支持数千个站点的集中管理。NatureMetrics 已被全球 600 多家公司采用，旨在为合规披露、风险管理和投资者沟通提供可行的生物多样性证据与决策支持。
Wealthfront 是一家以自动化投资和现金管理为核心的数字财富管理平台，面向个人投资者提供从现金账户、高息存款到自动化投资组合和个股/ETF 交易等多样化服务。平台突出低费、无佣金交易和自动化税收优化（如 **Tax-Loss Harvesting**），并宣称通过项目银行提供最高可达 $8M 的 FDIC 保险保护。Wealthfront 还提供低门槛的股票投资（最低 $1）、自动债券梯形工具与 529 教育储蓄等产品，拥有超过 130 万名客户和近 900 亿美元资产管理规模，适合希望用技术简化长期理财与税务优化的用户。
Hamilton 是一家面向科学与工业领域的全球性品牌，专注于精密液体处理、自动化样本存储、过程分析传感器与实验室器械的研发与制造。网站展示了其广泛的产品线与解决方案，包括 Microlab 系列自动移液平台、SAM HD Pro 超低温样本存储系统、GlucoSense 在线葡萄糖传感器以及传统与一次性传感器等。Hamilton 强调可配置的工作站、定制工程与集成服务，并为制药、生命科学、食品与饮料、生物工艺和分析化学等多种应用场景提供支持。同时，公司提供培训、现场服务和知识中心资源，承诺长期合作与持续技术支持，强调精度、可靠性与流程优化，已有超过七十年的行业积累与客户案例支持其信誉。
RCSB PDB（RCSB蛋白质数据库）是一个公开的结构生物学数据资源，汇集并提供对蛋白质与核酸三维结构数据的访问、可视化、搜索和分析工具。该网站不仅托管实验测定的PDB条目，还整合了计算模型（如AlphaFold DB与ModelArchive）、整合性结构和丰富的注释信息，支持科研与教育双重需求。RCSB PDB提供在线可视化（Mol*）、高级检索（序列/结构/化学相似性搜索）、程序化接口（Data API与Search API）、数据下载和投稿/验证工具（OneDep与验证服务器），并通过PDB‑101等教育资源推广结构生物学知识。无论是结构生物学研究者、教学人员还是软件开发者，都能通过其全面的服务链快速获取、分析并复用结构数据，促进科学发现与教学传播。
Rosetta Commons 是一个致力于生物分子建模与设计的开源社区与软件生态，汇集全球科研人员共享先进的计算方法与工具。该网站展示了 Rosetta 软件套件及相关项目（如 RosettaFold、RFdiffusion、ProteinMPNN、AtomWorks 与 ModelForge 等）的最新进展、开源仓库与 Docker 镜像，支持可重复的科学研究与协作开发。社区通过会议（如 RosettaCon 与 Megathon）、文档教程、代码托管与治理机制推动方法学创新，并为蛋白质折叠、相互作用预测与抗体设计提供实用工具与模型。无论是学术研究者还是工业用户，都可以在 Rosetta Commons 找到下载、教程、社区活动与最新研究成果，从而加速生物分子设计与发现。
Cyrus Biotech 是一家以计算驱动蛋白质发现为核心的生物技术公司，专注于利用自然存在的蛋白并通过计算建模与深度突变技术将其开发为更优的治疗性生物药。公司拥有经验证的平台与超过30个与合作伙伴开展的发现项目，强调将天然蛋白工程化以实现更佳的药理学特性。其在自身免疫性疾病领域有多条主导管线，包括用于去除IgG的IdeS、针对胃肠和代谢适应的IL‑22变体，以及经优化半衰期的ACE2v2‑Fc用于急性呼吸窘迫综合征。Cyrus 提供整合性的蛋白设计能力，结合新算法与先进实验方法，旨在为医药合作伙伴提供快速、可转化的候选药物。公司总部位于美国西雅图，并对外开放合作与临床开发机会。
AQ 实验室（AQ Laboratory）是一个专注于生物分子结构预测和计算蛋白质设计的开源研究与工程组织，在 GitHub 上以多个高影响力仓库著称。其代表性项目包括对 AlphaFold2 的可训练 PyTorch 重现实现 **openfold**、基于 AlphaFold3 思路的 **openfold-3**、以及用于蛋白质生成和基序支架设计的扩散模型 **genie/genie2**。此外，AQ 实验室还维护标准化数据集（如 **proteinnet**）、轻量级分子对接模型 **QuickBind**、以及若干与免疫受体、信号网络相关的工具与笔记本。项目多以 Python 与 Jupyter Notebook 实现，采用 Apache-2.0 或 MIT 等宽松许可证，便于学术复现与工程应用。该组织适合从事结构生物学、计算生物设计与机器学习研究的开发者与研究人员参与与使用。
AlphaFold Protein Structure Database（简称 AlphaFold 或 AlphaFold DB）是由 Google DeepMind 与 EMBL-EBI 联合开发并公开提供的蛋白质三维结构预测数据库，现已包含超过两亿条预测条目，覆盖了大量 UniProt 序列。该数据库以 DeepMind 的 AlphaFold2 为核心，通过序列输入预测蛋白质原子坐标并给出置信度评分（如 pLDDT），同时提供可视化的 PAE（Predicted Aligned Error）矩阵、单条蛋白及整套物种蛋白组的下载，以及用于注释、分析和教学的在线工具与培训课程。数据库对学术和商业用途开放，采用 CC-BY-4.0 许可证，用户可通过站内搜索、序列比对或 UniProt 描述快速定位目标序列，并可下载 JSON 格式的 PAE 数据用于二次分析。AlphaFold DB 还整合了 AlphaMissense 等衍生模型的资源，帮助评估错义突变的致病性倾向，广泛应用于结构生物学、药物研发、基因功能注释与教学培训等领域。
Baker Lab 是华盛顿大学蛋白质设计研究所（UW Institute for Protein Design）下的研究团队，致力于通过计算与实验相结合的迭代流程设计功能性蛋白质，解决医学、技术与可持续性领域的挑战。实验室开发并应用蛋白质设计软件，利用深度学习、分子建模与实验验证来改进设计方法和提高成功率。研究方向涵盖酶、肽、迷你结合子（minibinders）、分子器件、药物递送、纳米材料、膜蛋白与混合材料等多个领域。团队倡导开放协作的科学文化，发布大量出版物与博客内容，并持续招募新成员参与研究与开发。
BIS（Bank for International Settlements，国际清算银行）是一个致力于通过国际合作促进全球货币和金融稳定的国际组织。它为中央银行和监管机构提供研究、统计数据、政策建议和跨境合作平台，涵盖银行监管（如巴塞尔委员会）、金融稳定、数据与统计、以及技术创新领域（BIS创新中心）。BIS 通过发布研究报告、统计数据库、会议与演讲、以及培训与能力建设项目，支持决策者理解全球金融风险、制定监管标准并推动技术与监督实践的进步。该网站还提供丰富的出版物、数据门户、新闻公告和多媒体内容，便于学者、监管者和公众获取权威信息与资源。
Roche 是一家全球领先的研究型医药与诊断公司，使命是通过持续创新改善患者健康并延长与亲人相处的时间。官网展示了公司在药品、诊断和数字健康领域的整体布局与战略目标（Prevent·Stop·Cure），并通过新闻、年报和案例故事传达其科研与临床成果。网站同时为投资者提供股价与财务报告信息，为求职者提供全球职业机会，并发布最新媒体通告与可及性声明。内容覆盖从前沿研发中心（如 pRED Center）、AI 驱动的诊断解决方案到临床检测试剂（如 cobas® BV/CV）等多维度信息，体现了 Roche 在科学、合作与患者导向方面的综合实力。
PathAI 是一家致力于通过人工智能提升病理学诊断和患者预后结果的科技公司，提供面向生物医药和临床实验室的 AI 驱动病理解决方案。公司核心产品包括面向企业的数字病理工作流平台 AISight、获得监管资质的 AIM‑MASH 等 AI 工具，并为药物与诊断开发提供标注、中心化病理实验室服务与协作网络支持。PathAI 强调云原生架构与图像与病例管理一体化，旨在加速生物标志物发现、提高临床试验质量并优化实验室运营效率。公司与多家医疗机构和生物医药企业建立战略合作，并已获得 FDA/EMA 的重要资质与许可，展示了其在临床与研发场景中的实际可用性与合规能力。
Mayo Clinic Laboratories（Mayo Clinic 实验室）是全球领先的诊断服务机构，隶属于梅奥诊所，致力于为临床医生和患者提供高质量、可操作的检测与咨询服务。网站展示了覆盖超过4,400项检测的详尽检测目录，并按字母检索和专科分类（如遗传学、肿瘤学、微生物学等）便于临床使用。除了常规和专科检测外，Mayo Clinic Laboratories 强调与临床实践的紧密联动，提供专家会诊、基因组学和液体活检等前沿检测，并通过科研协作推动检测方法的创新与临床转化。网站还提供新闻动态、教育资源、物流与样本寄送指南以及面向生物制药、医院和国际客户的综合解决方案。
Ensembl 是一个由 EMBL-EBI 支持的公共开放基因组学平台，提供高质量的基因组参考数据、注释和可视化工具。平台汇集了大量物种的基因组、转录本和变异信息，并通过网页界面、批量下载、BioMart 和 API 等多种方式方便用户获取数据。Ensembl 提供一整套分析工具（如 VEP、BLAST/BLAT、Comparative Genomics）以支持变异注释、序列比对和物种间基因比较等研究需求。最新发布的 Ensembl Release 115 包含大量新增人类蛋白编码转录本、若干牲畜品种参考更新以及树状文件的新导出模式，适合科研人员、师生与生物信息工程师作为基因组学研究与注释的主要资源。
Broad Institute （简称 Broad）是一个多学科生物医学研究机构，致力于通过基础研究和技术创新改善人类健康。机构聚焦基因组学、免疫学、代谢学、脑健康、癌症与罕见病等疾病领域，并在人工智能与数据科学、成像、蛋白质组学、代谢组学和空间组学等技术平台上保持领先。Broad 不仅产出大量开放资源与数据库，还推动学术与产业合作，将发现转化为药物与诊断工具，近年来其科学成果已促成首个基于 Broad 研究的 FDA 批准癌症疗法。机构同时运营临床检测平台、出版物浏览器和公众教育中心，支持科研训练与社区参与。
UCSC 基因组浏览器（UCSC Genome Browser）是加州大学圣克鲁斯分校维护的权威基因组数据可视化与分析平台，支持多种参考基因组装（如 hg38/hg19、mm39 等）和大量注释轨道。该网站提供交互式浏览器界面，用于可视化基因、转录本、变异、测序覆盖等多层次基因组信息，并配套丰富工具（如 BLAT、LiftOver、Table Browser、Variant Annotation Integrator）以便快速比对、坐标转换和数据检索。用户可以上传**自定义轨道**或连接 **Track Hubs** 与公共会话共享视图，支持下载原始数据、源代码和通过 **REST API** 编程访问数据。网站同时提供教程、培训视频和镜像信息，适合研究人员、教学人员与生物信息学工程师用于探索与整合基因组注释与变异信息。
Bioconductor 是一个面向生物信息学的开源软件项目，基于 **R 语言** 提供可重复、精确的生物数据分析工具与生态系统。该项目通过集中管理数千个软件包（示例发布版中有 2361 个包）、定期发布版本（每年两次）以及配套的 Docker 镜像和云平台支持（如 AnVIL），帮助研究人员搭建可靠的数据分析流水线。Bioconductor 同时重视社区协作，提供论坛、即时聊天、教程、书籍与开发者资源，方便用户学习、交流与贡献代码。无论是数据注释、实验数据集成还是专用分析方法，Bioconductor 都为生物信息学研究与开发提供了完整且活跃的技术和社区支持。
Illumina 是一家致力于推动基因组学研究与临床应用的全球性公司，使命是通过解锁基因组信息来改善人类健康。该网页介绍了公司在测序与芯片领域的核心技术与产品线，包括新一代测序（NGS）、微阵列（microarray）、文库构建试剂盒与生物信息学软件等，强调将基因组与甲基组信息整合到单一检测中（如 5-Base DNA Prep）。网站同时提供丰富的资源与工具，涵盖产品选择、实验设计、运行设置与数据分析，并提供全天候支持与培训服务。页面还展示了实际影响力与最新活动、网络研讨会和研究发布，旨在为科研人员和临床从业者提供端到端的基因组解决方案。
10x Genomics（十倍基因组）是一家专注于单细胞与空间组学技术的领先生命科学公司，致力于“解码生物学、改变健康”。公司提供多样化的实验平台与试剂，包括 Chromium 单细胞平台、Xenium 原位成像、Visium 空间组学，以及最新的 GEM‑X Flex 和 Xenium Protein 等产品，覆盖从新鲜组织到 FFPE 的样本类型。其技术强调高通量、多模态与自动化，能够实现大规模细胞谱系分析、RNA 与蛋白质的联合测定以及空间分辨的基因组表达图谱，广泛应用于肿瘤学、免疫学、药物研发与 AI 驱动的细胞模型构建，并在学术与产业界被大量引用与采纳。
Terra 是面向生物医药数据分析与协作的平台，专注于在云端安全访问和处理海量临床基因组数据。它支持将自己的数据或可访问的 PB 级公共数据导入平台，提供可重复的工作流、可扩展的计算资源以及用于保护数据主权的受控共享机制。Terra 强调联邦协作和数据隐私，适用于研究机构、制药公司、公共卫生组织等多类用户，并以开源许可和广泛的社区采用为基础，方便团队协作与方法共享。
诺华（Novartis）是一家全球领先的制药与生物技术公司，致力于通过创新药物和科学技术改善患者生活。官网展示了公司在药物研发、生产制造、临床研究及社会责任（ESG）方面的投入与成果，提供最新财报、新闻发布与企业报告等信息。网站还面向医疗专业人士、患者及护理者提供专题资源，并通过内部杂志和多媒体内容传播科研与社会影响故事。总体上，诺华官网既体现了企业的科研实力与产品管线，也强调了可持续发展与以患者为中心的实践。
